令和5年10月にスタートしたインボイス制度では、免税事業者等からの仕入れについても一定割合の仕入税額控除を認める経過措置が設けられています。現在は令和8年9月30日まで、仕入税額相当額の80％を控除することが可能です。従来の制度では、令和8年10月以降は控除割合が50％に引き下げられ、令和11年10月以降は控除が認められなくなる予定でした。しかし、令和8年度税制改正により、この経過措置が見直されることになりました。
改正後は、令和8年10月から令和10年9月まで70％、令和10年10月から令和12年9月まで50％、令和12年10月から令和13年9月まで30％の控除が認められます。つまり、事業者への影響を緩和するため、経過措置の期間が2年間延長されることになります。一方で、経過措置の適用には新たな制限も設けられます。免税事業者1者当たりの年間仕入額について、1億円を超える部分は経過措置の対象外となります。これまでの基準は10億円であったため、大幅な引下げとなります。
インボイス制度開始から約3年が経過し、多くの事業者が制度に対応してきました。しかし、依然として免税事業者との取引は少なくありません。今回の改正は、制度への円滑な移行を図る一方で、将来的には適格請求書発行事業者との取引を基本とする方向性を維持するものといえるでしょう。免税事業者との取引が多い企業は、令和8年10月以降の控除割合の変更について早めに確認しておきたいところです。