医療法人は株式会社と比べ特異な部分があります。
まず、大きな特徴としては、医療法により配当が禁止されているということです（医療法54条）。そしてもう一つ、議決権が株式会社ですと、出資割合に応じて与えられるのですが、医療法人は社員（注）1人1票の議決権が与えられます。出資を何千万してようと無出資であっても社員であれば1人1票の議決権が与えられるので、株式会社以上に社員を誰にするかは重要といえます。
（注）この場合の社員は従業員の意味ではなく、民法でいう社員です。
株式会社と医療法人の相違点
| 株式会社 | 医療法人 | |
| 出資者 | 株主 | 社員が出資している場合が多い |
| 経営権 | 取締役 | 理事 |
| 監査 | 監査役 | 監事 |
| 所有権 | 株主 | 社員 |
| 最高意思決定機関 | 株主総会 | 社員総会 |
| 議決権 | 出資割合に応じる | 社員1人1票 |
| 設立 | いつでも可能 | 年2～3回 |
| 収益業務 | 可能 | 不可能（一部可能） |
| 配当 | 可能 | 不可能（禁止） |