医療法人の収入の大部分を占める社会保険診療報酬（社会保険や国民健康保険）は、窓口負担分（自己負担分）についても振込分（支払基金等からの振込）についても、事業税は非課税になります。消費税も非課税です。しかし、法人税や所得税は課税となります。
労働災害収入や自賠責収入は、事業税と法人税は課税ですが、消費税は非課税となります。
従って、医療法人の税務は通常の株式会社より複雑になりますので、日頃の会計入力の時点で収入を科目別に分け税目別に枝番（補助科目）を振るなどしておく必要があります。
期末の医療未収金の計上は期末前2か月の請求分を計上することになりますが、返戻分で再請求するものについても、医療未収金として計上する必要があります。