医療法人の財産は、大きく基本財産と運用財産に分けられます。基本財産とは、医療法人設立時に土地や建物とすることが多いです。医療法人設立時には、病院の土地や建物は基本財産とすることが望ましいと県などが言っていることから、意味も分からず、病院の土地や建物を基本財産に設定している医療法人もあります。
基本財産以外の財産は運用財産となります。何が違うのかというと、基本財産は処分したり、借入金の担保にするときは、理事会（評議委員会があれば評議委員会）の決議が必要です。また、理事会の決議を経た後、所轄庁の承認も得る必要があります。定款変更認可申請書の提出も必要なのです。
ここまで書くと、基本財産は処分するのが大変だなと思うと思います。その通りで、理事会の決議を経て所轄庁（県など）の承認を得るためにも理由づけが必要です。そのため処分や担保の設定に時間がかかります。
それでは、基本財産の設定は必ず必要なのでしょうか？答えは必要ありません。所轄庁も土地や病院建物は基本財産とすることが望ましいとしながらも、それを強制することはできません。借入金の担保の設定など、時間が勝負な場合もありますので、医療法人設立時には（その後設定することはないと思いますが）できるだけ、基本財産は設定しない方が後の運用がスムーズになります。