出資は持分の定めのある社団に対する株式会社でいうところの資本金と同じ概念になります。医療法人側は出資金となり、出資した側は財産権を有し、その医療法人が儲かれば出資持ち分の時価が増えて、払戻しを行う時、または相続の時は当初出資した価格より高い金額で評価されることになります。逆であれば、出資した金額より低い評価になり、株式会社でいうところの株のような性格です。
基金は持分の定めのないものに拠出されるもので、医療法人側は出資金と同じく純資産の部に基金として表示されますが、拠出した側は時価がどんなに上がっても時価で払い戻すことはできません。利息や配当も付されることはなく、あくまでも拠出した額を限度として払戻しを受けることができますが、他の債務（例えば買掛金等）に劣後しますので、満額返ってくるかどうかの保障もありません。純資産の部に記載され、拠出した側は資産性を有しますが、その性格は劣後債権となります。