医療法人は事業年度終了の日から2月以内に所轄税務署長に税務申告書を提出するのは株式会社などと同じですが、そのほかに都道府県知事に事業年度終了後3月以内に事業報告書等と届け出なければなりません。
事業報告書等は下記の書類になります。
１．事業報告書・・・医療法人の名称、種類（社団か財団か、持分ありか持分なしか、種類や基金の有無等）所在地、設立認可年月日、設立登記年月日、などを記載します。
２．財産目録・・・資産額、負債額、純資産額を記載します。また法人使用土地建物について自己所有か賃貸かを記載します。
３．貸借対照表・・・様式は４つありますが、病院・介護老人保健施設を開設する医療法人はより細かく記載し、診療所のみを開設する医療法人については、大まかな貸借対照表で構いません。
４．損益計算書・・・様式は２つありますが、これについても、病院・介護老人保健施設を開設する医療法人はより細かく記載し、診療所のみを開設する医療法人は大まかな損益計算書の記載で構いません。
５．監事監査報告書・・・監事の業務は業務監査と財務監査です。監事に監査してもらい記名・押印してもらいます。
また、社会医療法人債を発行する社会医療法人は公認会計士又は監査法人が作成した監査報告書を事業報告書と一緒に提出しなければなりませんが、社会医療法人債を発行している社会医療法人は稀ですのでその点はあまり気にする必要はありません。
事業報告書を事業年度終了後3ヶ月以内に提出しない場合や、虚偽の届出を行った場合にはどうなるのでしょうか？その場合は医療法76条の規定により、医療法人の理事に対し20万円以下の過料に処されます。