自分の持っている非上場株式を売却して利益が出た場合、同じ年に上場株式を譲渡（いわゆる損切）して損失が出た時は、今まではその利益と損失を損益通算して利益が残った部分だけ税金を払えば良かったのです。（非上場株式が譲渡益、上場株式が譲渡損でも同じです）
例えば、非上場株式の売却で100万円の利益が出て（1,000万円で取得した株式を1,100万円で売った時など）、上場株式で80万円の損失が出た場合（例えば100万円で取得した株式が20万円に暴落したが回復の見込みがないと判断して売った時など）、100万円の利益と80万円の損失を通算して、20万円の利益の部分だけ税金を払えば良いという制度でした。
それが平成28年1月1日より非上場株式と上場株式の損益通算が出来なくなります。（非上場株式同士、上場株式同士は可能です）
従って組織改編で株式譲渡を考えている企業などありましたら、年内に行っておく必要があります。