医療法人とその医療法人の理事長との取引は利益相反取引といいます。例えば、理事長が所有する土地を医療法人が病院の敷地として購入したりする場合、理事長が譲渡所得がかかるのを嫌がり低額で譲渡したり、それとは逆に二束三文の土地を高額で譲渡する危険が生じます。このように理事長と医療法人との利益が相反する取引のことを利益相反取引といいます。
利益相反取引を行おうとするときは、主務官庁（県など）に対して特別代理人を選任して申請しなければなりません（医療法46条の4⑥）理事長以外の理事が医療法人と取引する場合は特別代理人申請は不要です。
なぜ理事長との取引のみが特別代理人の選任が必要なのかというと医療法人は株式会社等と違い理事長のみが代理権を有しているからです（医療法46の4①）
では特別代理人は誰がなれるのかというと、誰でもなれますが、主務官庁はその者が特別代理人としてふさわしいかどうかを判断するので、その選定には明確な理由が必要です。
特別代理人は何をするのかというと、その取引が適正な取引であることを証明しなければいけません。