新型コロナウィルス感染症対応従事者慰労金については7月14日と8月6日のブログにも載せましたが、経理の仕方はどうするのか？という疑問があります。まず、従業員一人一人に支給される5万円又は20万円の慰労金は医療機関（介護機関）が従業員に代わって申請処理します。従って申請した医療機関（介護機関）にまとめて入金されます。
こちらは所得税非課税となりますので従業員に支払う時に源泉所得税を徴収しないように注意しなければいけません。給与と別に支払うなら特に問題ありませんが、給与と一緒に支払うのでしたら、所得税も社会保険も非課税とされるように注意します。もちろん年末調整にも入らないようにします。給与ソフトによってやり方が違うと思いますので、所得税及び社会保険の両方が非課税になるように設定する必要があります。
入金された時の経理は預り金又は仮受金で処理し、従業員に払った時に同じ勘定科目で消込の処理（逆仕訳）をします。預り金と仮受金ではどちらの勘定科目で処理したらいいか？と質問されますが、仮受金で処理した方が良いかと思います。なぜなら預り金は通常、源泉所得税や住民税などを処理する勘定科目なのでそれと分けて処理した方が後で会計が合わないときに見つけやすくなるからです。